Великий завоеватель Темучин, ставший впоследствии известным как Чингисхан, возвысился к 1204 среди языческих монгольских племен между реками Онон и Керулен в северо-восточной Монголии. Основой его влияния был конгломерат племен, которые он покорил. В Средней Азии привыкли повиноваться своим князьям, или ханам безоговорочно и преданно; такой же покорности ожидал от ханов и Чингис, насаждая ее с помощью своей огромной элитной гвардии.

По-видимому, у Чингисхана очень рано появилась уверенность, что ему суждено завоевать мир. Его соплеменники жаждали добычи и новых пастбищных земель и с готовностью последовали за ним. Утвердившись в Средней Азии, Чингисхан повернул сначала на восток и напал на империю Цзинь в Северном Китае, захватив почти всю территорию, кроме укрепленных городов. В Восточном Иране после распада державы Сельджукидов правили их бывшие вассалы - хорезмшахи из Хивы. Султан Ала ад-Дин Мухаммед Хорезмшах владел всем Ираном и Мавераннахром и хотел продвинуть границы своих владений дальше в Центральную Азию, захватить города-оазисы в бассейне реки Тарим в Синьцзяне, где мусульмане играли важную роль, хотя и не имели политической власти. Мусульманские купцы практически контролировали торговые пути, и правители этой области широко пользовались услугами мусульманских администраторов и советников.

В 1218, в ответ на поздравления по случаю завоевания Пекина, ко двору Хорезмшаха с предложениями мира и торговли прибыли три посланца-мусульманина от Чингисхана, которые при этом предложили ему уплатить Чингисхану дань. Султан учтиво распрощался с ними, но, когда богатый монгольский караван с 450 купцами-мусульманами вступил на его земли, купцов были перебиты, а товары захвачены. Посольство, направленное с протестом, было также уничтожено. Это последнее действие, равносильное объявлению войны, спровоцировало вторжение Чингисхана на территорию мусульманского мира.

Монгольское нашествие. Хотя Чингисхан был занят аннексией Маньчжурии, в конце 1219 он вторгся в Мавераннахр. У султана была по тем временам гигантская армия, но он не пользовался популярностью и любовью в войсках. Не желая рисковать в открытом бою и не доверяя армии, он распределил ее по большим городам.

Взяв пограничный Утрар, Чингисхан устремился прямо на Бухару, жители которой в феврале 1220 открыли ему ворота. В течение двух лет главные города Мавераннахра, Хорасана и Афганистана были завоеваны и опустошены. Там, где монголам оказывалось сопротивление, как случилось в Мерве, Нишапуре, Герате и Бамьяне, города стирались с лица земли, а жители вырезались.

Из Хорасана часть монгольской армии двинулась через Северный Иран на Кавказ, разорила христианскую Грузию (в 1221 и 1222), разбила в мае 1223 войска русских князей и половцев, совершила набег на генуэзские торговые поселения в Крыму, после чего вернулась обратно на восток и соединилась с Чингисханом.

Хорезмшах умер в 1220, скрываясь от монголов на маленьком острове в Каспийском море. Его сын Джалал ад-Дин бежал в Индию после неудачной попытки остановить монголов в Афганистане, а когда те ушли, восстановил свою власть в Западном Иране.

Чингисхан умер в 1227. Будучи шаманистом и поклоняясь духам своего народа, он относился терпимо ко всем религиям. Почитая ученость, он способствовал созданию монгольской письменности и литературы. На завоеванных территориях он организовывал справедливое и эффективное управление, основанное на кодификации обычного права (яса).

Монгольские нашествия после Чингисхана. Каждый из четырех сыновей Чингисхана получил по царству, а третий, Угэдэй, считался верховным ханом. Воины старшего сына, Джучи, вторглись на территорию Руси и в Восточную Европу, и в 1243 вдова Угэдэя послала войска в Малую Азию, где сельджукский султан Анатолии и царь Армении были вынуждены признать себя вассалами Монголии. И все же войны против главных центров мусульманского мира объявлено не было.

В 1251 верховное ханство перешло от дома Угэдэя к дому Толуя, младшего сына Чингисхана, и политика экспансии возобновилась. Верховным ханом стал старший сын Толуя, Мункэ, который вместе со своим братом Хубилаем предпринял нашествие на Южный Китай. Их брат Хулагу отправился завоевывать себе царство в исламских землях.

Хулагу и Ильханская династия в Персии и Ираке. В Персии Хулагу разрушил крепости исмаилитов-низаритов (1256-1257). В феврале он разграбил Багдад, казнил 37-го аббасидского халифа аль-Мустасима и упразднил Багдадский халифат.

Ирак и Иран до самой Амударьи вошли в состав ханства Хулагу, который принял титул ильхана. Основанная им династия получила название Хулагуидов (Ильханов). Мавераннахр же оставался частью ханства, принадлежавшего второму сыну Чингисхана.